微波干燥殺菌機在應用過程中，具有一系列的優勢：能保證粉狀產品和生產環境的衛生質量。由于減少了許多手工操作的中間環節，沒有流化床干燥時存在的強大氣流和劇烈的電機振動，所以，生產過程能較好地保持雞精等粉狀調味品的顆粒的完整性，產生的粉塵數量也大大減少。
微波干燥設備是一種由微波磁控管發出電磁波對物料輻射，物料受這種電磁波輻射的同時會出現每秒24億5千萬次的振蕩互相摩擦而發熱，它不是傳統的傳熱方式加熱，所以微波干燥設備的干燥效率和物料性質有很大關系。
不同一種物料同樣的含水率用微波干燥設備來干燥時效率也有所區別，比如有的化工材料它本身吸收微波能力很差，那么這種物料含水率干燥到一定的程度下就特別難干，這種微波干燥設備對這樣的物料干燥效率就不高。那么像石墨這種原料，它物料本身吸收微波能力就特別的強，它比一般的物料吸收微波都強，所以它能在幾十秒鐘內升溫至300℃，這種物料使用微波干燥設備干燥效率就非常高。
